המרכז התורני "חכמת רחמים" בברכיה, נוסד בשנת תשמ"ח על ידי הגה"צ רבי חיים הכהן זצ"ל נכדו של מרן הגאון רבי רחמים חי חויתה הכהן זצ"ל ראב"ד ג'רבא.

הגאון רבי חויתה שימש אחרי עלותו ארצה כרב הישוב ברכיה, ופעל להקים ישיבה בישוב, אולם נטרפה השעה, והוא נפטר בטרם הגשים את שאיפתו.
שלושים שנה אחרי פטירתו, העיר ה' את רוח נכדו רבי חיים זצ"ל שהיה יליד המושב, להפוך את הבית בו התגורר סבו הגדול למקום של תורה. רבי חויתה התגורר בבית פשוט במושב, ועד אז, הבית היה עזוב מלבד בודדים שביקרו בו מידי פעם.

ואכן, בשנת תשמ"ח פתח כולל אברכים בבית סבו הספוג בתורה וקדושה. ובכך הושיב ישיבה על קברו של סבו, והפך את המושב – שהיה ככל יתר מושבי הסביבה – למושב של תורה. בחלומו ראה כל השנים, כיצד מחזירה "ברכיה" עטרה ליושנה, והופכת להיות "ג'רבא" דארץ ישראל.

הכולל נקרא בשם "חכמת רחמים" על שם סבו זצ"ל ועל שם רבי כמייס חכמון זצ"ל שהיה שוחט ובודק ומרביץ תורה במושב ברכיה שנפטר כשנה לפני כן. בהמשך, פתח הרב במקום ישיבה לצעירים שהחלה עם שלושים בחורים מצוינים.

עם השנים, ביסס והרחיב את המרכז התורני במוסדות תורה לכל גיל: מגיל יונק ועד ושיבה. לא קלה היתה המשימה להקים ישיבה ומוסדות תורה, הרחק מהמיית התורה שבמרכז הארץ ומירושלים עיר הקודש, אך זכות אבותיו סייעתו, והמקום הפך למגדלור למגדלור רוחני לאזור כולו.

הגאון רבי חיים כהן מייסד המוסדות, נפטר בדמי ימיו בה' במרחשון התשס"ט, בעת שהותו בצרפת לצורך גיוס כספים לישיבה.